Targeted mass spectrometry analysis of Clostridium perfringens toxins
| dc.contributor.author | Ďuráčová, Miloslava | |
| dc.contributor.author | Klimentová, Jana | |
| dc.contributor.author | Myslivcová Fučíková, Alena | |
| dc.contributor.author | Zídková, Lenka | |
| dc.contributor.author | Sheshko, Valeria | |
| dc.contributor.author | Řehulková, Helena | |
| dc.contributor.author | Dresler, Jiří | |
| dc.contributor.author | Kročová, Zuzana | |
| dc.date.accessioned | 2026-08-18T12:31:32Z | |
| dc.date.issued | 2019 | |
| dc.description.abstract | Targeted proteomics recently proved to be a technique for the detection and absolute quantification of proteins not easily accessible to classical bottom-up approaches. Due to this, it has been considered as a high fidelity tool to detect potential warfare agents in wide spread kinds of biological and environmental matrices. Clostridium perfringens toxins are considered to be potential biological weapons, especially the epsilon toxin which belongs to a group of the most powerful bacterial toxins. Here, the development of a target mass spectrometry method for the detection of C. perfringens protein toxins (alpha, beta, beta2, epsilon, iota) is described. A high-resolution mass spectrometer with a quadrupole-Orbitrap system operating in target acquisition mode (parallel reaction monitoring) was utilized. Because of the lack of commercial protein toxin standards recombinant toxins were prepared within Escherichia coli. The analysis was performed using proteotypic peptides as the target compounds together with their isotopically labeled synthetic analogues as internal standards. Calibration curves were calculated for each peptide in concentrations ranging from 0.635 to 1101 fmol/uL. Limits of detection and quantification were determined for each peptide in blank matrices. | eng |
| dc.description.abstract-translated | Cílená proteomická analýza se postupně stala technikou pro detekci a absolutní kvantifikaci proteinů, jinak těžce dosažitelných klasickým bottom-up přístupem. Díky tomu byla zvolena jako vynikající přístup pro detekci potenciálně bojově zneužitelných agens v široké škále komplexních biologických a environmentálních matricích. Toxiny Clostridium perfringens mohou být potenciálně zneužitelné jako biologická zbraň, zejména pak epsilon toxin, který patří do skupiny nejúčinnějších bakteriálních toxinů. V publikaci je popsán vývoj metody cílené proteomické analýzy pro detekci toxinů Clostridium perfringens (alfa, beta, beta2, epsilon a iota). Pro analýzu byl použit vysokorozlišující hmotnostní spektrometr s kvadrupólovým analyzátorem a Orbitrapem, pracujícím v módu monitorování paralelních reakcí. Z důvodu nedostupnosti komerčně dodávaných standardů bakteriálních toxinů byly tyto pro další analýzy připraveny rekombinantně v E. coli. Kvantifikační analýza byla provedena pomocí využití syntetických izotopicky značených analogů sledovaných peptidů. Pro každý sledovaný peptid byly vytvořeny kalibrační křivky v rozsahu koncentrací od 0.635 to 1101 fmol/uL. V blankové matrici byly určeny též limity detekce a kvantifikace každého zvoleného peptidu. | cze |
| dc.format | p. 1-18 | |
| dc.identifier.doi | 10.3390/toxins11030177 | |
| dc.identifier.issn | 2072-6651 | |
| dc.identifier.obd | 43875167 | |
| dc.identifier.scopus | 2-s2.0-85063712474 | |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12603/3141 | |
| dc.identifier.wos | 000464472400001 | |
| dc.language.iso | eng | |
| dc.peerreviewed | yes | |
| dc.publicationstatus | postprint | |
| dc.publisher | MDPI-Molecular diversity preservation international | |
| dc.relation.ispartof | Toxins, volume 11, issue: 3 | eng |
| dc.relation.publisherversion | https://www.mdpi.com/2072-6651/11/3/177 | |
| dc.rights.access | Open Access | |
| dc.rights.license | CC BY | |
| dc.source.url | https://www.mdpi.com/2072-6651/11/3/177 | |
| dc.subject | mass spectrometry | eng |
| dc.subject | PRM | eng |
| dc.subject | Clostridium perfringens | eng |
| dc.subject | protein toxin | eng |
| dc.subject | epsilon toxin | eng |
| dc.subject | hmotnostní spektrometrie | cze |
| dc.subject | PRM | cze |
| dc.subject | Clostridium perfringens | cze |
| dc.subject | proteinový toxin | cze |
| dc.subject | epsilon toxin | cze |
| dc.title | Targeted mass spectrometry analysis of Clostridium perfringens toxins | eng |
| dc.title.alternative | Cílená hmotnostně spektrometrická analýza toxinů Clostridium perfringens | cze |
| dc.type | article |